王星拱出生于清朝光绪十四年(公元1888年)，字抚五，谱名芳辰，安徽省怀宁县高河埠王家大屋(今高河镇凌桥村)人。他早年毕业于英国伦敦大学帝国科学技术学院。留学期间，曾参与孙中山领导的反清进步运动。

1910年加入中国同盟会欧洲支部；

1916年获硕士学位，被北京大学校长蔡元培聘为化学系教授兼二院主任。

1929年任省立安徽大学校长。

后与王世杰、李四光等共助国立武汉大学云程发轫，任国立武汉大学化学系首任系主任。

1933年5月至1945年任国立武汉大学校长。

1945年7月，王星拱调任中山大学校长。

1948年3月，辞归安庆。其间，国民党当局屡次催逼他飞赴台湾，他都不予理睬。

1949年10月8日，于上海病逝，终年61岁。

在上海的300多名武大校友不约而同地聚会哀悼；陈毅市长送来了一幅挽联，上书：“一代完人 。”