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刘艺斌

办公地点:化南230

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电子邮箱:liuyibin@whu.edu.cn

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个人简介

刘艺斌,武汉大学化学与分子科学学院教授、博士生导师。2010年和2015年于北京大学化学与分子工程学院分别获得学士和博士学位,导师为赵美萍教授。2015年在哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所从事博士后研究,在COLD-PCR技术发明人Mike Makrigiorgos教授指导下开发出富集检测癌症相关的低丰度DNA突变以及异常甲基化的方法。2017年至2020年在牛津大学Nuffield医学院Ludwig癌症研究所宋春啸课题组担任博士后研究员,开发出新的单碱基分辨率、非重亚硫酸盐的DNA甲基化测序方法TAPS,用于临床肿瘤样本及血浆游离DNA的全基因组甲基化和羟甲基化修饰的分析。作为共同创始人在牛津大学科研转化平台上创建了癌症早筛公司Base Genomics,被行业领军企业Exact Sciences收购。共发表学术论文16余篇,被引用430余次。其中第一作者论文发表在Nature biotechnology、Nucleic acids research、Nature communications、 Genome biology等国际知名期刊。入选国家海外高层次人才引进青年项目以及武汉大学泰康生命医学中心PI,2022 年10 月入职武汉大学。本课题组长期招收博士后、博士生及硕士生,欢迎感兴趣的同学加入。


教育经历

2006.9-2010.7   北京大学化学与分子工程学院 学士

2010.9-2015.6   北京大学化学与分子工程学院 博士


工作经历

2015.6-2016.8     哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所 博士后

2016.8-2017.7     Genefirst Ltd UK 高级科学家

2017.7-2020.3     牛津大学Nuffield医学院Ludwig癌症研究所 博士后

2020.3-2020.10    Base Genomics Ltd 共同创始人

2020.10-2022.8    Exact Sciences Associate director

2022.10-至今       武汉大学化学与分子科学学院 教授    泰康生命医学中心PI


研究方向

DNA甲基化作为表观遗传学的重要现象之一,在胚胎发育等生命过程中起着重要的调控作用,并且与癌症等多种疾病密切相关。传统的亚硫酸氢钠测序法(BS-Seq)是目前DNA甲基化检测的金标准,然而其缺点也十分突出,比如剧烈的反应条件损伤DNA、转化后序列的复杂性差降低覆盖率。我的研究兴趣是采用化学和生物化学的方法开发针对DNA甲基化分析的新技术,应用于以癌症早筛为主的相关生物医学研究领域。例如TET酶氧化辅助的吡啶硼烷测序法(TAPS),在测序起始量、测序成本和测序数据质量等方面都具有明显优势,有望替代BS-Seq成为DNA甲基化检测新的金标准,目前已经实现了商业转化。研究方向包括:

(1) 单细胞多组学方法用于癌症基础医学研究

(2) 基于异常DNA甲基化和羟甲基化检测的癌症早期诊断技术的开发

(3) 新型测序平台(例如第三代单分子长读长测序)在癌症诊断方面的应用


代表成果

(1) Yibin Liu, Paulina Siejka-Zielińska, Gergana Velikova, Ying Bi, Fang Yuan, Marketa Tomkova, Chunsen Bai, Lei Chen, Benjamin Schuster-Böckler, Chun-Xiao Song. Bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at base resolution. Nature biotechnology, 2019, 37, 424-429

(2) Yibin Liu, Chen Song, Ioannis Ladas, Mariana Fitarelli-Kiehl, G Mike Makrigiorgos. Methylation-sensitive enrichment of minor DNA alleles using a double-strand DNA-specific nuclease. Nucleic acids research, 2017, 45, e39

(3) Yibin Liu, Zhiyuan Hu, Jingfei Cheng, Paulina Siejka-Zielińska, Jinfeng Chen, Masato Inoue, Ahmed Ashour Ahmed, Chun-Xiao Song. Subtraction-free and bisulfite-free specific sequencing of 5-methylcytosine and its oxidized derivatives at base resolution. Nature communications, 2021, 12, 618

(4) Yibin Liu, Jingfei Cheng, Paulina Siejka-Zielińska, Carika Weldon, Hannah Roberts, Maria Lopopolo, Andrea Magri, Valentina D’Arienzo, James M Harris, Jane A McKeating, Chun-Xiao Song. Accurate targeted long-read DNA methylation and hydroxymethylation sequencing with TAPS. Genome biology, 2020, 21, 54

(5) Yibin Liu, Junqiu Zhai, Shan Huang, Simin Fang, Meiping Zhao. Construction of Antibody-like Nanoparticles for Selective Protein Sequestration in Living Cells. Construction of antibody-like nanoparticles for selective protein sequestration in living cells. Nanoscale, 2015, 7, 7162-7167